Στόχος του ΔΠΜΣ είναι η εκπαίδευση επιστημόνων που θα στελεχώσουν τις επιχειρήσεις του κλάδου της ναυτιλίας, ο οποίος αποτελεί τον πλέον δυναμικό και παγκοσμιοποιημένο κλάδο της ελληνικής οικονομίας. Οι απόφοιτοι/ες του ΔΠΜΣ  αποκτούν τις αναγκαίες επιστημονικές γνώσεις και αναπτύσσουν κρίσιμες ικανότητες που τους επιτρέπουν να σταδιοδρομήσουν σε ένα ευρύ φάσμα φορέων, οργανισμών και επιχειρήσεων του κλάδου της ναυτιλίας.  Σε αυτές περιλαμβάνονται: ναυτιλιακές επιχειρήσεις διαχείρισης πλοίων, επιχειρήσεις μεσιτείας ναυλώσεων και ασφαλίσεων, νηογνώμονες, νηολόγια, χρηματοδοτικοί οργανισμοί, λιμένες, ναυπηγοεπισκευαστικές επιχειρήσεις καθώς και μια σειρά επιχειρήσεις άλλων ειδικοτήτων που εντάσσονται στο δυναμικά αναπτυσσόμενο Ελληνικό Ναυτιλίακό Cluster.