Το Πρόγραμμα Σπουδών του ΔΠΜΣ είναι εντατικό περιλαμβάνει έντεκα (11) μαθήματα υποχρεωτικά, και πέντε (5) επιλογής από δέκα (10) προσφερόμενα μαθήματα και την εκπόνηση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής εργασίας ή εναλλακτικά Πρακτική άσκηση αντί της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας. Η παρακολούθηση των μαθημάτων είναι υποχρεωτική. Οι γλώσσες διδασκαλίας του Δ.Π.Μ.Σ. και οι γλώσσες εκπόνησης της διπλωματικής εργασίας είναι η Ελληνική ή/και η Αγγλική Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων που απαιτείται για την απόκτηση του Δ.Μ.Σ. ανέρχεται σε 75 πιστωτικές μονάδες.
Τα μαθήματα, η κατανομή τους ανά εξάμηνο και ανά ειδίκευση καθώς και οι πιστωτικές μονάδες ECTS παρουσιάζονται ενδεικτικά στον ακόλουθο πίνακα.
| Εξάμηνο | ECTS | Σύνολο ECTS | Τύπος Μαθήματος | ||
| A | Ναυτιλιακή Οικονομική | 4 | 18 | Υ | |
| Στατιστική Ανάλυση Δεδομένων στη Ναυτιλία | 4 | Υ | |||
| Εισαγωγή στη Ναυτική Τεχνολογία | 4 | Υ | |||
| Αρχές Διοίκησης και Οργάνωσης Ναυτιλιακών Επιχειρήσεων | 4 | Υ | |||
| Σεμιναριακό μάθημα | 2 | Υ | |||
| Διαχείριση Εφοδιαστικής Αλυσίδας | 4 | 12 | Υ | ||
| Ναυτιλιακά Πληροφοριακά Συστήματα | 4 | Υ | |||
| Διαχείριση και Ενεργειακή Απόδοση Πλοίου | 4 | Υ | |||
| Σύνολο ECTS Α΄ Εξαμήνου | 30 | ||||
| Β | Θεωρία Κινδύνου και Αξιοπιστίας με Εφαρμογές στα Ναυτικά Συστήματα | 4 | 8 | Κατ Επιλογήν Υποχρεωτικό (Υ/Ε) | |
| Χρηματοοικονομική Ανάλυση | 4 | Υ/Ε | |||
| Περιβάλλον και Γαλάζια Ανάπτυξη στη Ναυτιλία | 4 | Υ/Ε | |||
| Διοίκηση και Οικονομία στη Ναυτική Επιστήμη | Διοίκηση στη Ναυτική Τεχνολογία | ||||
| Ναυλώσεις | Τεχνολογίες Επικοινωνιών στη Ναυτιλία | 4 | 8 | Υ Κατεύθυνσης | |
| Διαχείριση Πλοίου και Τεχνολογικές Εφαρμογές | Οργάνωση και Διαχείριση Διαδικασιών Συντήρησης Πλοίων | 4 | Υ Κατεύθυνσης | ||
| Διαχείριση Λιμένων και Τερματικών Σταθμών | 4 | 12 | Υ/Ε | ||
| Ποιότητα στις Μεταφορές και στις Εγκαταστάσεις | 4 | Υ/Ε | |||
| Διαχείριση Καινοτομίας στη Ναυτιλία | 4 | Υ/Ε | |||
| Νομικά ζητήματα στη Ναυτιλία | 4 | Υ/Ε | |||
| Ανάλυση Μεγάλου Όγκου Δεδομένων στη Ναυτιλία | 4 | Υ/Ε | |||
| Συστήματα Διοίκησης στις Ναυτιλιακές Επιχειρήσεις | 4 | Υ/Ε | |||
| Τεχνολογίες περιβάλλοντος και αντιρρύπανσης | 4 | Υ/Ε | |||
| Σεμιναριακό μάθημα | 2 | 2 | διαθέσιμο και στις 2 κατευθύνσεις | ||
| Σύνολο ECTS Β΄ Εξαμήνου | 30 | ||||
| Θερινή Περίοδος | Διπλωματική ή Πρακτική Άσκηση | 15 | |||
| Σύνολο ECTS | 75 | ||||